369# Yönlendirilmiş mutagenez / Yönlendirilmiş mutasyon: Evrimin temel mekanizması

Yönlendirilmiş mutagenez (yönlendirilmiş mutasyon) kavramını daha önce 38 nolu ve 259 nolu yazılarımda giriş seviyesinde anlatmıştım. Bu yazıda ise yönlendirilmiş mutagenez konusunu detaylı olarak yine bilimsel literatür eşliğinde anlatacağım.

Mutasyon nedir?

Bilindiği gibi canlılar hücrelerden oluşur. Hücrelerin içinde canlıların tüm özelliklerini belirleyen DNA’ları bulunur. DNA’ların sıralaması zaman zaman küçük değişiklikler geçirir ve buna mutasyon denir.

Teistlere göre mutasyonların rastgele oluşması Tanrı’nın varlığının veya yokluğunun bir delili değildir. Çünkü Tanrı, sistemi böyle tasarlamış olabilir veya biyoloji bilgimiz henüz yetersiz olduğu için mutasyonları rastgele sanıyor olabiliriz. Oysa kaos teorisindeki gibi kaos sandığımız olaylar bir düzen içinde işliyordur fakat çok aşırı faktör olduğu için henüz biz o düzeni keşfedemedik ve bu yüzden rastgele mutasyonlar olarak adlandırdık. Kısacası yakın geçmişe kadar rastgele mutasyon kavramına inanıyorduk ve rastgeleliğin görece olarak bize göre olduğunu fakat Tanrı için rastgele olmadığını ve evrimin bir plan dâhilinde bir kader üzerinde devam ettiğini düşündük. Sonra, 30 yıldır yapılan araştırmalar rastgele mutasyon kavramını kökünden söküp attı ve rastgele mutasyon algılarını tamamen değiştirdi.

Yönlendirilmiş mutagenez nedir?

Uzun yıllar boyunca mutasyonların rastgele oluştukları düşünüldü fakat son gelişmeler gösterdi ki mutasyonlar rastgele oluşmuyor, evrimi yönlendirmede taraflı davranıyorlar. Yönlendirilmiş mutagenez, canlıların DNA’larında meydana gelen evrimsel mutasyonların rastgele olmaması, canlıları bulundukları ortama adapte edecek şekilde kasıtlı olarak değiştirmeleri demektir.

İşte bilim insanları bize artık eskiden sanıldığının aksine evrimsel mutasyonların rastgele olmadığını ve canlıların ihtiyaç duydukları yönde evrilecekleri mutasyonların oluştuğunu haber veriyor. Buna yönlendirilmiş mutasyonlar (directed mutation) ismi verildi.[1] Felsefi olarak düşünüldüğünde, bir yönlendirme var ise bir yönlendiren ve bir akıl olması gerekiyor. Bu yüzdendir ki ilk zamanlarda yönlendirilmiş mutasyon kavramına karşı materyalist bilim insanları tarafından bir direnç geliştirildi ise de yönlendirilmiş mutasyonların her geçen yıl artan kanıtlarla ispatlanması materyalist evrimcilerin dirençlerini kırmıştır ve akademide yönlendirilmiş mutasyonların kabul edilmesini sağlamıştır. Şimdi her şeyi tarihi süreci içinde baştan anlatalım.

Yönlendirilmiş mutasyonların keşif süreci

Lamarck (ö: 1829) Darwin’den (ö: 1882) 65 yıl önce evrimi kuramlaştırmış kişiydi. Lamarck canlıların çevrelerine uyum sağlayacak şekilde vücutlarının değiştiğini ve evrim geçirdiklerini ileri sürdü. Darwin ise canlıların vücutlarının değişimlerinin doğal seleksiyonla belirlendiğini açıkladı. Örnek olarak, Lamarck’ın teorisine göre zürafaların boynu, bulundukları yüksek ağaç dallarındaki yaprakları yiyebilmeleri için gereklilikten dolayı evrildi ve uzadı, fakat Darwin’e göre boynu en uzun olanlar hayatta daha iyi kaldıkları için sonraki nesillerin boynu gittikçe uzadı. Doğal seleksiyon daha gözlemlenebilir ve kanıtlanabilir bir teori olduğu için Darwin’in teorisi Lamarck’ın teorisinin yerini aldı. Artık Lamarck’ın teorisi olan “canlıların ihtiyaca göre evrimleşmesi” teorisi uzun yıllar ortadan kalktı.

1943 yılında Luria ve Delbrück bakteriler üzerinde yaptıkları deneyler sonucunda bakterilerin rastgele mutasyonlar geçirdiğini öne sürdüler.[2] O günden sonra bilim camiasında rastgele mutasyon hipotezi genel kabul gördü. [3, 4]

1989 yılında, Harvard Üniversitesinden John Cairns ve ekibi bakteriler üzerinde araştırmalar yapıyordu. Bakterilerin stres oluşturacak ortamlarda yetiştiklerinde o stres ortamında yaşamalarını sağlayacak mutasyonlar geliştirdiklerini keşfettiler. Çalışmaları Nature dergisinde yayınlandı.[5] 1991 yılında ise Rochester üniversitesinden Hall başka bir araştırma sırasında yönlendirilmiş mutasyon olgusuna rastladı.[6] Bu keşfettikleri durum, rastgele mutasyon tanımına aykırıydı. Çünkü mutasyonlar rastgele olsa milyonlarca deneyden ancak bir tanesinde bakterilerin bu gerekli mutasyonu (adaptif mutasyon) gerçekleştirmesi gerekirdi. Oysa bakteriler, yaşamlarını tehlikeye sokacak bir ortama alındığında gerekli mutasyonlar bir veya iki gün içinde hemen gerçekleşiyordu. Daha sonra bugüne kadar sayısız araştırmalar yönlendirilmiş mutasyonu doğruladı, aşağıda örnekleri verilecek.

Yönlendirilmiş mutasyonların kanıtları

Yönlendirilmiş mutasyonlar literatürde yüzlerce araştırma ile kanıtlanmıştır. Burada ana başlıklara ayırıp birkaç örnekle açıklayacağız.

Stres altındaki bakterilerde gerekli mutasyonların gelişmesi

Evrim çalışmalarında bakterilerin çok kullanılmasının sebebi, hızlı üremeleri, kısa jenerasyon süresi, bakımı ve kontrolünün kolay olması gibi sebeplerdir.

Genetikçilerin bildirdiğine göre bakteriler stres altında iken yaşamalarına gerekli olan mutasyonu beklenenden yüz kat daha fazla gerçekleştirirler.[7] Bu sonuçlar mutasyonların yönlendirilmiş olduğunu doğrulamıştır. Örneğin normalde E. Coli adlı bakteri, bir çeşit şeker olan laktozu sindirip kullanamaz. Fakat bu bakteriyi laktoz olan bir ortamda çoğaltırsanız yeni laktozlu ortam, bakteride bir strese yol açar. Ya uyum sağlamalıdırlar ya da ölmelidirler. Yeni ortama uyum sağlayabileceği doğru mutasyon, bakteride bir veya iki gün içinde gelişerek hayatta kalmasını sağlar. [7, 8]

Bakterilerdeki bu yönlendirilmiş mutasyon olgusu çok sayıda araştırma ile tekrar tekrar kanıtlandı.[9-13] Rastgele mutasyon hipotezini benimsemiş Neo-Darwinist yoruma göre bu durumun gerçekleşmemesi gerekirdi. Bundan dolayı rastgele mutasyon hipotezinin evrimi açıklamada yetersiz kaldığı görülmüştür. Bu yönlendirilmiş mutasyonların keşfi sayesinde, Neo-Lamarkçı yönlendirilmiş mutasyon teorisinin, mutasyonların ortaya çıkışını açıklamada daha doğru olduğu açığa çıkmıştır.

Bugünlerde genetikçiler Darwin’in yanında Lamarck’ın da haklı olduğunu düşünüyorlar.[14, 15, 16] Yani hem Darwin’in kuramı olan doğal seçilim doğrudur hem de Lamarck’ın kuramını doğrular şekilde mutasyonlar canlıların çevresel ihtiyaçlarına göre şekilleniyorlar.

Yönlendirilmiş mutasyonların insan evrimindeki kanıtları

Yönlendirilmiş mutasyon kanıtları insanlarda da saptanmıştır. Örneğin Afrika’da sıtma hastalığı yaygın bir hastalıktır. Araştırmacılar, sıtma hastalığına karşı birbirinden genetik olarak bağımsız dört ayrı genetik yapıya (haplotip) sahip insan topluluğunun sıtmaya direnci sağlayan bu mutasyonu birbirlerinden bağımsız olarak geliştirdiklerini tespit etmişlerdir. Normalde aynı mutasyonun iki farklı kabilede birbirinden bağımsız olarak çıkma ihtimali bile astronomik seviyede düşük bir ihtimal iken, birbirinden bağımsız dört insan grubunun aynı mutasyonu geliştirmesi imkânsıza yakın bir olasılıktır. Fakat insanların içinde bulundukları şartlar bu adaptif mutasyonu gerektirmiş ve mutasyon Afrika’nın farklı noktalarında bağımsız olarak gerçekleşmiştir. [17, 18, 19, 20]

Mutasyon yanlılığı

Yönlendirilmiş mutasyonları ve yönlendirilmiş evrimi kanıtlayan diğer bir bulgu, mutasyon yanlılığının (mutation bias) keşfidir. Mutasyon yanlılığı, popülasyon için gerekli bir mutasyonun diğer mutasyonlardan daha çok gerçekleşmesidir. Yani bir canlı topluluğunun bir ortama adaptasyonu için gerekli olan mutasyonlar beklenenden daha fazla gerçekleşiyorsa buna mutasyon yanlılığı denir. [21, 22, 23] Türkçe ’de yanlı veya taraflı mutasyon olarak da kullanılıyor. Bilim insanları taraflı mutasyonların doğal seçilim ile birlikte evrimi belirleyen ana faktör olduğunu belirtiyor. [21, 24]

Paralel evrim

Yönlendirilmiş evrimin bir diğer kanıtı ise son yıllarda literatüre giren paralel evrim kavramıdır. Paralel evrim, iki farklı popülasyonun birbirinden bağımsız oldukları halde aynı stres ortamına girdiklerinde aynı mutasyonları geçirmeğe olan yatkınlığıdır.[25, 26, 27]  Susan F. Bailey, “Paralel evrimi ne yönetiyor?” adlı bilimsel makalesinde iki ayrı popülasyonun benzer bir ortama girdiğinde sayısız farklı yollardan evrimleşmesi gerekirken, aynı evrimsel yoldan geçmelerinin normalde imkânsız görülebileceğini belirtir. Fakat son yapılan çalışmaların benzer yeni ortamlara giren farklı popülasyonların aynı mutasyonları geliştirdiklerinin gözlendiğinin örneklerini anlatır. [28]

Paralel evrim geçiren popülasyonlarda doğal seçilimin belirleyici mekanizma olmadığını ve hatta hiç önemi olmadığını belirtir. Örneğin popülasyonlarının tuzlu sudan tatlı suya geçişinde, popülasyonlar birbirlerinden bağımsız olarak sırtlarındaki dikenleri atacak mutasyonlar geçirmişlerdir. Bu durum, rastgele mutasyon hipotezine göre imkânsız bir olgudur. Fakat son gözlemler evrimin hiç de rastgele mutasyonlarla gerçekleşmediğini göstermiştir. Bu yeni gözlemler sayesinde 1) evrimi akıllı mekanizmaların yönettiği ve 2) materyalist Neo-Darwinistlerin hipotezlerinde sanıldığı gibi evrimin rastgele mutasyonlarla başına buyruk bir fenomen olmadığı ortaya çıkmıştır.

Kuantum jitters mekanizmasının keşfi

2015 yılında Duke Üniversitesinde Hashimi ve ekibi tarafından yapılan araştırmalar mutasyonların önceden sanıldığı gibi kopyalama hataları olmadığını gösterdi.[29] DNA kopyalanması sırasında bir baz (genetik harf) kendini saniyenin milyonda biri süresinde diğer bir baza dönüştürüp geri eski haline dönüyor ve böylece DNA kopyalamasını yapan enzimin mutasyonlu DNA üretmesine sebep oluyor. Yani eskiden enzimlerin hata yapmalarından dolayı mutasyonların oluştuğu sanılıyordu ama yeni çalışma gösterdi ki hayır bu bir hata değildi, enzim dahi mutasyon oluşturmak için yönlendiriliyordu. Bu keşif yönlendirilmiş mutasyonların moleküler temelini açıklayan bir buluş oldu.[30]

Resim: Duke üniversitesinden Müslüman bir bilim insanı olan Hashimi, Kuantum jitters keşfinden dolayı birçok ödül aldı. Önümüzdeki yıllarda Nobel ödülünün de en kuvvetli adayları arasında gösteriliyor.

Evrim rastgele mutasyonlarla açıklanamayacak kadar hızlı ilerleyen bir süreç

Rastgele mutasyonların ve mutasyon oluşma hızının, evrimsel süreci sağlamak için yetersiz olduğu düşüncesi evrimi materyalist kaygılarla dogmatik olarak sahiplenmeyen bilim insanları tarafından çokça dillendirilmeye başlandı. Bu bilim insanlarına göre canlı çeşitliliğinin bu kadar çok olması ve kompleksleşmesi için rastgele mutasyonlar yeterli görünmüyor. Rastgele mutasyon teorisi ve mutasyon hızları evrimleşmeyi açıklamakta yetersiz kalıyor.

2017 yılında Nature dergisinde 50.000 meyve sineği üzerinde yapılan bir araştırma rastgele mutasyonların evrim sürecini açıklayamadığını ortaya çıkardı.[31] Araştırmacılar meyve sineklerinin 40 milyon yılda biriktirdikleri yararlı mutasyonları karşılaştırdılar ve sonuç olarak yararlı mutasyon geçirme hızının beklenenin çok üzerinde olduğunu belirttiler. Araştırmanın sonuçlarına göre kendi kendine rastgele mutasyonlarla oluşacak bir evrimin, bugünkü seviyeye ulaşması imkânsız görünüyor.

Evrimleşebilirlik (evolvability)

2000’li yıllardan sonra evrimleşebilirlik (evolvability) kavramı tartışılmaya başlandı. Canlılarda evrimleşebilirliğin neden var olduğu ve elimizdeki rastgele mutasyon hipotezinin evrimin hızını açıklamakta yetersiz kaldığı tartışıldı. Sniegowski 2006 yılında yazdığı “Evrimleşebilirlik” makalesinde [32] şunu belirtir:

“Bu endişeyle motive olan araştırmacılar, popülasyonların uzun süreli adaptasyon ve fenotipik yenilik için neden yeterli içsel değişkenliğe sahip olduğunun evrim teorisi tarafından yeterince açıklamadığını savunuyorlar. Buna göre, bazıları, yüksek mutasyon oranları, olağandışı mutasyon mekanizmaları ve modüler gelişim programları gibi özelliklerin, evrimi kolaylaştırmada büyük ve önceden şüphelenilmeyen roller oynadığını öne sürdü. Hatta bu tür özelliklerin işlevsel amacının, evrim için uygun bir çeşitlilik arzı sağlamak olduğu öne sürülmüştür: son zamanlardaki bir yazarın sözleriyle, yaşam ‘evrim geçirmek üzere evrilmiştir.”

Evrimin teleolojik yorumu

Bilim insanları rastgele bir evrim fikrinin canlıların değişimini açıklayamayacağını düşünüyor, evrim tarihinin rastgele mutasyonlarla bu genetik çeşitliliği ortaya çıkarmak için çok yetersiz olduğunu belirtenlerin sayısı bir hayli fazla. [32] 1989’dan sonra ortaya çıkan yönlendirilmiş mutasyon kavramı ise bu düşünceleri güçlendirdi ve her şeyi mantıklı bir zemine oturttu. Bazıları artık evrimin temelinde bir amaçsallık yattığının tamamen anlaşılmasına çok yaklaşıldığını belirtiyor ki buna evrimin teleolojik yorumu deniyor. Teleoloji her şeyin altında bir amaçlılık olduğunu öne süren antik Yunan felsefi akımıdır. İşte her geçen gün eklenen yeni kanıtlarla bu teleolojik yorumun reddedilemez bir hale geldiğini düşünüyorlar.

Yine de bilim insanları arasında hâkim olan materyalist düşüncelerden ve camia baskısından dolayı bazı bilim insanları yönlendirilmiş mutasyonları ve mutasyon yanlılığını kabul ederken bile, bunların teleolojik amaçlara hizmet etmeyeceklerini belirtmek zorunda kalmışlardır. [21] Oysa dogmalar bilimin içine karışmamış olsaydı, çok sayıda delilleri olan ve çok sayıda saygın bilim insanının kabul ettiği, Nature gibi üst düzey dergilerde defalarca yayınlanan bu bulguları reddetmek konusunda kesin konuşmamaları gerekirdi. Gereken mutasyonların normalden 100 kat daha fazla ortaya çıkmasını, evrimin yönlendirilmesinin kanıtı olarak görmeleri veya en azından agnostik kalmayı tercih etmeleri gerekirdi.

Oysa bazı ateist dogmatik materyalist bilim insanları hiçbir delile dayanmadan açık delilleri kesin dille reddetmeyi seçmesi, bilime ağır bir ateist ve materyalist dogmanın üstü kapalı olarak karıştırıldığını gösteriyor. Tarafsız olduklarını söylerken teleolojik gerçeklerin üstünü olanca güçleriyle örtmeyi seçiyorlar. Türkiye’de evrim etrafında şekillenen bazı oluşumlarda da bunun örnekleri yakînen müşahade ediliyor. Tarafsız olduklarını söylerken asla tarafsız davranmıyorlar, dogmatik materyalist inançlarla bilime ket vurup gerçeklerin üzerini örtmeğe çalışıyorlar.

Evrimle gelen akıllı tasarımı doğaya vermek

Evrimsel mutasyonların rastgele oluşmaktan ziyade yönlendirildiği artık kanıtlanmış gerçeklerdir. Akademide bunlar artık çok sayıda saygın otoriteler tarafından araştırılıp yayınlanıyor. Bir kısmı ise camia baskısından dolayı evrim Tanrı tarafından yönlendiriliyor dememek için farklı açıklama arayışları içindedirler. Örneğin Richard Watson ve Eors Szathmary 2016 yılında Evrim nasıl öğreniyor? (How Can Evolution Learn?) isimli çalışmalarında evrimin gerekli mutasyonları oluşturmayı öğrenen akıllı bir süreç olduğunu iddia ederek, bu aklı yine Tanrı’ya değil de doğaya vermeye çalışmışlardır. [33] Yani bu evrimsel akıl reddedilemeyecek kadar bariz olunca bu aklı Tanrı’ya vermektense doğanın kendisine vererek doğayı Tanrılaştırmak, ateistler için en son çıkış kapısıdır.

Milton ve Zhogge ise yönlendirilmiş mutasyonları ispatlayan çalışmaları bir makalede derlemişler, yönlendirilmiş mutasyonun var olduğu sonucunu belirtmişler fakat yönlendirilmiş mutasyonu akıllı bir düzene bağlamak yerine “yönlendirilmiş mutasyon, doğal seleksiyona bir cevap olarak geliştirilmiş olabilir” diye basit bir açıklama ile durumu geçiştirmeye çalışmışlardır.[34]

Zararlı rastgele mutasyonların sebebi

Elbette hücrelerdeki düzenin bozulduğu zamanlarda yanlış mutasyonlar ortaya çıkar ki bunlar ise zararlı mutasyonlardır. Bunlar bizim yukarıda bahsettiğimiz adaptif yönlendirilmiş mutasyonlar değillerdir. Adaptif yönlendirilmiş mutasyonlar hücrenin sağlıklı olduğu zamanlarda ihtiyaç için gelişen mutasyonlar olduğu halde, zararlı mutasyonlar ise hücrenin düzeni bozulduğunda açığa çıkar. Bunlar kanser yapıcı veya genetik bir hastalığa sebep olucu mutasyonlardır. Yani sağlıklı hücreler, canlıyı ortama adapte edecek mutasyonları geliştirirken, hücrenin mutajenik (kanserojenik) dış etkenlere maruz kalması sonucu iç dengesi bozulmakta ve zararlı mutasyonlar bu şekilde ortaya çıkabilmektedir. Zararlı mutasyonların kaynağı, mutajenik faktörlere maruz kalma veya yaşlanma sonucu hasara uğramış hücre yapısıdır.[35, 36, 37, 38]

Rastgele mutasyon kavramını bitiren yeni çalışmalar

Bu yazıyı yayınladıktan sadece 1 gün sonra yeni bir araştırma Nature dergisinde yayınlandı. [39] Bu araştırmada Fare kulağı teresi adlı bitki üzerinde mutasyonları araştıran araştırmacılar şu sonuca varmışlardır:

“Epigenomla ilişkili mutasyon yanlılığının, Fare kulağı teresinde zararlı mutasyonların oluşumunu azalttığı sonucuna varıyoruz ve mutasyonların evrimsel süreçte yönsüz bir güç olduğu şeklindeki hakim paradigmaya karşı çıkıyoruz.”

Aşağıda bu ifadelerin ekran görüntüsü gösterilmiştir.

Özetle

Uzun süreler boyunca mutasyonların doğada rastgele oluştukları ve doğal seçilim sayesinde en uygun mutasyonların gelecek nesillere aktarıldığı düşünüldü. Fakat özellikle son 20 yıldır yapılan araştırmalar gösterdi ki rastgele mutasyonların evrimi bu noktaya getirmesi mümkün görünmüyor. Evrim akıllı bir mekanizma ile işliyor. Her ne kadar bilim insanları buna akıllı değil öğrenen demeyi tercih etse de evrim içinde canlıların gelişimlerini yönlendiren ve onları hayatta tutmayı ve çeşitlendirmeyi hedefleyen bir aklın varlığı çok açık görünür hale geldi. Yönlendirilmiş mutasyonların keşfi ile artık rastgele mutasyon teriminin evrimi açıklamadığı, sadece kanser ve genetik hastalık oluşumları için doğru olabileceği öğrenildi.

Bilim, maalesef tarafsız olduğunu söyleyerek dogmatik ateist inançlarını perdeleyen ve bu inançlarını bilime yansıtarak gerçeklerin ortaya çıkmasını engelleyen insanların baskısı altında. Açık kanıtlarda bile, en azından agnostik kalmayı bile tercih etmeyip, ateistik yorumlarla gerçeklerin üstünü kapatmak için çalışan insanlarla dolu. Buna rağmen tarafsız bilim insanlarının da sayısı gün geçtikçe artıyor. Gerçekleri karartmadan ortaya koyuyorlar. Onların çalışmaları sayesinde bugün en katı materyalist bilim insanları bile yönlendirilmiş mutasyonlar konusunda katı inkârcı tavırlarını bırakmış ve yumuşamış durumdadırlar.

Ayrıca bu konudaki önceki yazılarımız da şurada:

1. https://www.bilimveyaratilisagaci.com/2018/06/38-dna-kopyalanirken-hata-mi-olusuyor-bu-yaratilista-bir-kusur-mudur/
2. https://www.bilimveyaratilisagaci.com/2020/08/kuantum-segirme-evrim/

Kaynaklar

1. Arnold, F.H., Directed evolution: bringing new chemistry to life. Angewandte Chemie International Edition, 2018. 57(16): p. 4143-4148.
2. Luria, S.E. and M. Delbrück, Mutations of bacteria from virus sensitivity to virus resistance. Genetics, 1943. 28(6): p. 491.
3. Murray, A., Salvador Luria and Max Delbrück on random mutation and fluctuation tests. Genetics, 2016. 202(2): p. 367-368.
4. Gelling, C., Luria & delbrück: Jackpots and epiphanies. Genes to Genomes: a blog from the Genetics Society of America: http://genestogenomes. org/luria-delbruck-jackpots-and-epiphanies, 2016.
5. Cairns J, Overbaugh J, Miller S: The origin of mutants. Nature 1988;335:142–145.
6. Hall BG: Is the occurrence of some spontaneous mutations directed by environmental challenges? New Biol 1991;3:729–733.
7. Charlesworth, D., Barton, N. H., & Charlesworth, B. (2017). The sources of adaptive variation. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 284(1855), 20162864.
8. Lewis IM. 1934 Bacterial variation with special reference to behavior of some mutabile strains of colon bacteria in synthetic media. J. Bacteriol. 28, 619–638.
9. Zhang, Z., and Saier, M. H. Jr. (2009a). A mechanism of transposon-mediated directed mutation. Mol. Microbiol. 74, 29–43. doi: 10.1111/j.1365- 2958.2009.06831.x.
10. Zhang, Z., and Saier, M. H. Jr. (2009b). A novel mechanism of transposon-mediated gene activation. PLoS Genet. 5:e1000689. doi: 10.1371/journal.pgen.1000689.
11. Wang, X., and Wood, T. K. (2011). IS5 inserts upstream of the master motility operon flhDC in a quasi-Lamarckian way. ISME J. 5, 1517–1525. doi: 10.1038/ismej. 2011.27.
12. Saier Jr, M. H., & Zhang, Z. (2014). Transposon-mediated directed mutation controlled by DNA binding proteins in Escherichia coli. Frontiers in microbiology, 5, 390.
13. Saier Jr, M. H., Kukita, C., & Zhang, Z. (2017). Transposon-mediated directed mutation in bacteria and eukaryotes. Frontiers in bioscience (Landmark edition), 22, 1458.
14. M. DeLisi and M. G. Vaughn: The Vindication of Lamarck? Epigenetics at the Intersection of Law and Mental Health. Behav Sci Law, 33(5), 607-28 (2015) DOI: 10.1002/bsl.2206.
15. M. K. Skinner: Environmental Epigenetics and a Unified Theory of the Molecular Aspects of Evolution: A Neo-Lamarckian Concept that Facilitates Neo-Darwinian Evolution. Genome Biol Evol, 7(5), 1296-302 (2015) DOI: 10.1093/gbe/evv073.
16. W. W. Burggren: Epigenetics as a source of variation in comparative animal physiology – or – Lamarck is lookin’ pretty good these days. J Exp Biol, 217(Pt 5), 682-9 (2014) DOI: 10.1242/jeb.086132.
17. Chebloune, Y., et al., Structural analysis of the 5’flanking region of the beta-globin gene in African sickle cell anemia patients: further evidence for three origins of the sickle cell mutation in Africa. Proceedings of the National Academy of Sciences, 1988. 85(12): p. 4431-4435.
18. Nagel, R. and H. Ranney. Genetic epidemiology of structural mutations of the β-globin gene. in Seminars in hematology. 1990.
19. Lapouniéroulie, C., et al., A novel sickle cell mutation of yet another origin in Africa: the Cameroon type. Human genetics, 1992. 89(3): p. 333-337.
20. Kwiatkowski, D.P., How malaria has affected the human genome and what human genetics can teach us about malaria. The American Journal of Human Genetics, 2005. 77(2): p. 171-192.
21. Svensson, E.I. and D. Berger, The role of mutation bias in adaptive evolution. Trends in ecology & evolution, 2019. 34(5): p. 422-434.
22. Laland, K.N., et al., The extended evolutionary synthesis: its structure, assumptions and predictions. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015. 282(1813): p. 20151019.
23. Stoltzfus, A. and D.M. McCandlish, Mutational biases influence parallel adaptation. Molecular biology and evolution, 2017. 34(9): p. 2163-2172.
24. Storz, J.F., et al., The role of mutation bias in adaptive molecular evolution: insights from convergent changes in protein function. Philosophical Transactions of the Royal Society B, 2019. 374(1777): p. 20180238.
25. Colosimo, P.F., et al., Widespread parallel evolution in sticklebacks by repeated fixation of ectodysplasin alleles. science, 2005. 307(5717): p. 1928-1933.
26. Orr, H.A., The probability of parallel evolution. Evolution, 2005. 59(1): p. 216-220.
27. Chevin, L.M., G. Martin, and T. Lenormand, Fisher’s model and the genomics of adaptation: restricted pleiotropy, heterogenous mutation, and parallel evolution. Evolution: International Journal of Organic Evolution, 2010. 64(11): p. 3213-3231.
28. Bailey, S.F., et al., What drives parallel evolution? How population size and mutational variation contribute to repeated evolution. BioEssays, 2017. 39(1): p. 1-9.
29. Kimsey, I.J., et al., Visualizing transient Watson–Crick-like mispairs in DNA and RNA duplexes. Nature, 2015. 519(7543): p. 315-320.
30. https://phys.org/news/2015-03-quantum-jitters-basis-evolution-cancer.html.
31. Houle, D., et al., Mutation predicts 40 million years of fly wing evolution. Nature, 2017. 548(7668): p. 447-450.
32. Sniegowski, P. D., & Murphy, H. A. (2006). Evolvability. Current Biology, 16(19), R831-R834.
33. R. A. Watson and E. Szathmary: How Can Evolution Learn? Trends Ecol Evol, 31(2), 147-57 (2016) DOI: 10.1016/j.tree.2015.11.009.
34. Saier Jr, M.H. and Z. Zhang, Control of transposon-mediated directed mutation by the Escherichia coli phosphoenolpyruvate: sugar phosphotransferase system. Journal of molecular microbiology and biotechnology, 2015. 25(2-3): p. 226-233.
35. Charlesworth, B., The effects of deleterious mutations on evolution at linked sites. Genetics, 2012. 190(1): p. 5-22.
36. Hernández, L., et al., Aging and radiation: bad companions. Aging Cell, 2015. 14(2): p. 153-161.
37. Creager, A.N., Radiation, cancer, and mutation in the atomic age. Historical Studies in the Natural Sciences, 2014. 45(1): p. 14-48.
38. Radman, M., Protein damage, radiation sensitivity and aging. DNA repair, 2016. 44: p. 186-192.
39. Monroe, J., Srikant, T., Carbonell-Bejerano, P., Becker, C., Lensink, M., Exposito-Alonso, M., … & Weigel, D. (2022). Mutation bias reflects natural selection in Arabidopsis thaliana. Nature, 1-5.

 

Bu yazı hakkında ne düşünüyorsunuz?