Vefat kelimesi Türkçeye hep ölüm anlamında geçmiştir. Ben bu kelimenin Arapçada tamamen bu anlamda olduğunu düşünmüyorum. Şu ayetlerle göstereceğim ne anlama geldiğini:

Öncelikle vefat kelimesi Arapçada وفى kökünden gelir. Bu kökün anlamı; "tam, uygun, tastamam, eksiksiz" olarak bildirilir(bkz. Ragıb El-İsfahânî, Müfredat, s. 1170). 

Âl-i İmran 25: فَكَيْفَ إِذَا جَمَعْنَاهُمْ لِيَوْمٍ لاَّ رَيْبَ فِيهِ وَوُفِّيَتْ كُلُّ نَفْسٍ مَّا كَسَبَتْ وَهُمْ لاَ يُظْلَمُونَ

"Bakalım o geleceğinde şüphe olmayan gün için kendilerini topladığımız ve hiç kimseye haksızlık edilmeyerek, herkese her ne kazandıysa tamamen ödendiği vakit ne olacak?"

Zümer 10: قُلْ يَا عِبَادِ الَّذِينَ آمَنُوا اتَّقُوا رَبَّكُمْ لِلَّذِينَ أَحْسَنُوا فِي هَذِهِ الدُّنْيَا حَسَنَةٌ وَأَرْضُ اللَّهِ وَاسِعَةٌ إِنَّمَا يُوَفَّى الصَّابِرُونَ أَجْرَهُم بِغَيْرِ حِسَابٍ

"Tarafımdan söyle: "Ey iman eden kullarım, Rabbinize takva ile sığının. Bu dünyada güzellik yapanlara bir güzellik vardır. Allah'ın toprağı geniştir. Ancak sabredenler mükafatlarına hesapsız erdirilir."

İsra 35: وَأَوْفُوا الْكَيْلَ إِذا كِلْتُمْ وَزِنُواْ بِالقِسْطَاسِ الْمُسْتَقِيمِ ذَلِكَ خَيْرٌ وَأَحْسَنُ تَأْوِيلاً

"Ölçtüğünüz vakit tam ve doğru terazi ile tartın; bu hem hayırlı, hem de sonuç bakımından daha güzeldir."

Bunlar gibi daha birçok ayette وفى kökünden türeyen kelimeler "tam yapmak, tamamlamak, eksiksiz" gibi anlamlarda kullanılmış. O zaman aynı kökten türeyen وفاة (vefat) kelimesi de tamamlamak gibi bir anlama gelmeli. Bunu şu ayetlerde daha rahat görüyoruz:

Maide 117: مَا قُلْتُ لَهُمْ إِلاَّ مَا أَمَرْتَنِي بِهِ أَنِ اعْبُدُواْ اللّهَ رَبِّي وَرَبَّكُمْ وَكُنتُ عَلَيْهِمْ شَهِيدًا مَّا دُمْتُ فِيهِمْ فَلَمَّا تَوَفَّيْتَنِي كُنتَ أَنتَ الرَّقِيبَ عَلَيْهِمْمَ  وَأَنتَ عَلَى كُلِّ شَيْءٍ شَهِيدٌ

"Bana ne emrettiysen onlara onu söyledim. 'Benim Rabbim ve sizin de Rabbiniz olan Allah'a kul olun' dedim. Aralarında bulunduğum sürece onlara şahittim. Beni vefat ettirdikten sonra onlar, sadece senin gözlemin altındaydılar. Her şeye şahit olan sensin."

Âl-i İmran 55: إِذْ قَالَ اللّهُ يَا عِيسَى إِنِّي مُتَوَفِّيكَ وَرَافِعُكَ إِلَيَّ وَمُطَهِّرُكَ مِنَ الَّذِينَ كَفَرُواْ وَجَاعِلُ الَّذِينَ اتَّبَعُوكَ فَوْقَ الَّذِينَ كَفَرُواْ إِلَى يَوْمِ الْقِيَامَةِ ثُمَّ إِلَيَّ مَرْجِعُكُمْ فَأَحْكُمُ بَيْنَكُمْ فِيمَا كُنتُمْ فِيهِ تَخْتَلِفُونَ

"Allah buyurmuştu ki: "Ey İsa! Seni vefat ettireceğim, seni katıma yükselteceğim, seni inkar edenlerden arındıracağım ve sana uyanları kıyamete kadar kafirlerden üstün kılacağım. Sonra dönüşünüz bana olacak. İşte o zaman, ayrılığa düştüğünüz şeyler hakkında aranızda ben hükmedeceğim."

Bu ayetlerde de vefat ettirme kelimesi geçiyor. Vefat kelimesinin kökü "tam" anlamına geldiği için vefat ettirmek de "tamamlamak" anlamına gelmeli. Seni vefat ettireceğim=Senin dünya hayatını tamamlayacağım. Hz. İsa'nın göğe yükselmeden önce öldürülüp tekrar diriltildiği de söyleniyor ama bence bu yorum biraz uzak düşüyor. Çünkü şu ayette insanların iki kez öldürülüp iki kez diriltildiği söyleniyor:

Mü'min 11: "'Ey rabbimiz!' diyecekler, 'Bizi iki defa öldürdün, iki defa dirilttin. Şimdi günahımızı itiraf etmiş bulunuyoruz, bir çıkış yolu yok mu?'"

Hz. İsa doğumunda ilk ölümünden dirildi. İkinci yoruma göre göğe çıkmadan önce ikinci defa öldü ve tekrar dirildi. Gökten inince de üçüncü defa ölecek ve ahirette dirilecek. Toplam üç kez ölüp dirilecek. Ayete ters düşüyor gibi. Tabii bu mucize olduğu için Mü'min 11 ayetinin genel kuralının bir istisnasıdır da diyebiliriz, bu yüzden bu yorum yanlış diyemem. Ama benim yukarıda önerdiğim çözüm de mantıklı.